
单细胞测序技术正在革命性地推动我们对生命复杂性的认知,然而其高昂的每样本成本和技术复杂性,限制了其在更多实验室和更广泛物种中的普及。尽管多重样本标记技术能有效“降本增效”,但现有的方法往往受限于抗原动物群特女性朋友、寡核苷酸掩盖费用高额或实际操作工艺流程较为复杂。近日,南方海洋科学与工程广东实验室(广州)的陈凯副教授开发团队在Journal of Genetics and Genomics上发表了一项创新性方法学研究,提出了一种名为HEATag的新型样本标记策略,为我们提供了一个低资金、跨外来物种、全服务平台兼容的全新解决方案。
杂志期刊简绍
Journal of Genetics and Genomics (JGG)是由我国的专业院基因基因基因规律与胸部发育生态学学钻研所和我国的基因基因基因规律先学会主办者的全球学术研究理论研究论文杂志期刊论文杂志,全力于通讯报道健康专业和医美基因基因基因规律学方向的创作者性钻研成功。JGG 2021年度后果成分7.1,Scopus学术研究理论研究论文杂志期刊论文杂志口碑指数CiteScore 9.9,跃居JCR 2021年度GENETICS & HEREDITY方向Q1区(Top 10%),BIOCHEMISTRY & MOLECULAR BIOLOGY方向Q1区,跃居我国的专业院论文杂志期刊论文杂志区别生态学学大类目1区(Top论文杂志期刊论文杂志),基因基因基因规律学和生化模式与原子生态学学小类双1区。BIOPROFILE
哪些是HEATag
灵巧的“二合并”制定
HEATag是由凝集素和HUH内切酶组合的融入蛋清
「准确定位器」控制器 - 凝集素
能够识别细胞膜上广泛存在且高度保守的糖基化体现(如GlcNAc和Neu5Ac)。
「链接器」接口 - HUH内切酶
可以序列特异性地与普通的、无需化学修饰的单链DNA(ssDNA)检索方形码进行共价连结。
“1+1>2”的效用:将两者融合,得到的HEATag蛋白既能通过凝集素牢牢锚定在细胞膜上,又能通过HUH蛋白携带特定的DNA条形码进行样品标记符号与可追溯。
Fig1: HEATag几斤箭头机制构造图
BIOPROFILE
进阶篇产品检验
HEATag真不知道有大多能打?
可能在差异必备条件下,保证 辅乳期家禽受损肿瘤细胞系单受损肿瘤细胞混样测序
实验室里的设计再精妙,也要经过真实样本的 “实战考验” 才算数。研究方案技术团队为 HEATag 制定了多轮 “学习压力測試”,从生殖受损细胞系到生殖受损细胞结构,从常温的到低溫,从新鲜子范本到规定子范本,全周边所有地方确认它的固界定和安全性。
第一名轮测式采取哺乳期间食草动物内部系:探讨成员选泽了来于人、鼠、仓鼠3个植物植物外来物种的六种内部(HEK293T、K562、MEF、CHO),在温度下使用 HEATag 符号后融合测序。决定回收利用的 11447 个内部中,85.66% 都能使用 HEATag 长条码正确连接到原植物植物外来物种,范例间是交叉的污染特少,UMAP 聚类数据分析数据分析往往是随便证明材料,HEATag 长条码与植物植物外来物种特异形什么是基因组特殊性超高同样。 随后,测试图片具体生活标准进步骤优化:深入分析者再试一次在 4℃下标示图片符号鲜美肿瘤组织、在常温下标示图片符号甲醇紧固好肿瘤组织,甚至会单独标示图片符号肿瘤组织核。引致始终闪亮:全部具体生活标准下,子样品价签与植物物种信息查询均含有有效的关于性,拆成确切率超 95%。若果甲醇紧固好会引致轻的转录本交叉式破坏,肿瘤组织核制作出现大量 RNA 轻易流失,肿瘤组织型号的批注引致始终与鲜美子样品持续共同,证实 HEATag 能够 标示图片符号不同于操作具体生活标准下的检测子样品。
Fig2: HEATag 可在其他环境下提交单组织细胞转录组混样研究
可能标上喂母乳生物和深海无脊梁骨生物的原代神经元
这样说人体上皮细胞系公测是 “理论知识题”,那组织性子子样本便是 “扣减题”, 这样的子子样本也许因人体上皮细胞款式较为复杂、条件满足性比较特殊,是图标技巧的 “薄弱环节”,而 HEATag 正好在这样的 “薄弱环节” 上增添了优越。研究团队选择了大鼠和小鼠的睾丸结构,这类样本包含精原干细胞、精母细胞、精子细胞等多种类型,对标记一致性的要求极高。实验中,两种动物的睾丸用特异性 HEATag 条形码标记后混合测序,最终获得的 14663 个细胞不只能被准确度鉴别,所以常见组织细胞类行的聚类分析结果显示都清析可辨。
更令人惊喜的是HEATag对大海怪物的自适应性。HEATag能在海水的等渗溶液中标记新鲜的海洋动物细胞(如海月水母、大西洋海刺水母)。研究人员用人工海水稀释的HEATag 标记了水母和珊瑚的组织细胞后在 BD Rhapsody 平台测序,最终回收的 6452 个细胞中,HEATag 长形码与种群转录组更具较高同步性,如果没有显示因高盐区域环境产生的 “标出就失效”。后续对甲醇固定的海洋生物细胞测试结果显示,HEATag 在固定样本中的拆分效果优于新鲜样本。
Fig3: HEATag 可实现了辅乳期宠物进行样版多沉 scRNA-seq 分享
Fig4: HEATag可体现鲜活海洋能无脊椎神经猎物几斤 scRNA-seq 分享
HEATag与组织细胞的组合会导致转录组的可观更改
对样本标记技术来说,“不影响样本本身的 RNA 特征” 是底线。研究团队将来自同一供体的等量的 HEATag 标记细胞与未标记细胞混合测序,对比两者的 RNA 质量、基因捕获数量和细胞组成。结果显示,标记组与未标记组的 RNA 质量没有明显差异,捕获的基因数量基本持平,UMAP 图谱显示两组样本的细胞组成高度相似,转录相似性更是维持在高位。无论是细胞簇的注释结果,还是不同细胞类型的基因回收数量,两组都几乎一致,没有出现 “标记导致的基因表达异常”。这意味着,HEATag在顺利完成标志日常任务的而且,是不会对后期的转录类物质析产生串扰,能保证了研究分析数据报告的真實性。
Fig5: HEATag不懂直接影响模本的 RNA 展现基本模式
BIOPROFILE
未来发展可期
HEATag 能为单细胞核研究探讨面临啥子?
HEATag 的实际价值,远不尽于 “克服箭头现象”,它的智能化性和普遍性,未能为单体细胞研究方案打开微信太多概率性
从应用软件情景分析
HEATag 能包含从 “简略相对解析”(如癌结构结构展开与一切正常结构结构展开、治疗药物治理 与比)到 “大大小探索”(如结构结构展开组织生殖细胞图谱建模、mtk量淘汰)的全面积的需求。因为 PIP-seq、Stereo-cell 等创新型可加密水平的发展进步,HEATag 还能进几步提高自己单组织生殖细胞探索的通量,力助科技研究微商团队展开更多大小的工程项目。从跨教育领域提升空间一起来看
HEATag 不仅能适合于转录组学,还能与表观dna组学、核高蛋白组学、区域组学等技能融合,完成个人定制指数和寡核苷酸字段,HEATag 都都可以轻松自在构建不一样的组学流程步骤,不决定无线信号抓取强度。此外,体系结构HEATag还都都可以趋势单细胞膜糖组学科研技能。BIOPROFILE
协作各式各样
拜谱微生物与陈凯院士制定目标阶段合伙购房意向
非常值得青睐的是,在 HEATag 技木展现什么出极大的应该用升值空间的游戏背景下,拜谱植物学体技术应该用应该用已与南边大海数学与项目 浙江试验室(成都)陈凯专家教授拿到逐项战略合作协议书。男女双方设计致力于 HEATag 技木的制造业化落地页、科技创新应该用等放向拉开强度协同,确保此种低料工费、跨种类的单細胞图标技木更加快应该用于事实上科技创新3d场景,为较多的试验室出示更高效、经济条件的单細胞研发机器,转向科技创新任务者在細胞植物学体技术应该用应该用学、大海植物学体技术应该用应该用学、传染性疾病制度化等邻域拿到较多的打破